По окончании Академии митрополит Никодим предложил иеромонаху Мефодию поступить в аспирантуру. Но стремлением молодого священника было служить на приходе, общаться с людьми, что он и высказал в ответ на предложение митрополита. Тогда Владыка назначил его в северный приход Ленинградской епархии.

С 1976 года  иеромонах Мефодий одновременно с обучением в аспирантуре  нес пастырское послушание в храме Московского Новодевичьего монастыря. Тогда же был зачислен в штат Отдела Внешних Церковных Сношений в качестве референта, а 4 апреля 1977 года решением Священного Синода был назначен заместителем председателя ОВЦС и возведен в сан архимандрита.

В 1979 году, после смерти митрополита Никодима (+ 1978), архимандрит Мефодий оставил работу в Отделе Внешних Церковных Сношений и по благословению Патриарха Пимена до 1980 года нес служение в Малом соборе Донского монастыря и в московском храме Ризоположения Господня.

Постановлением Святейшего Патриарха Пимена и Священного Синода от 24 апреля 1980 года архимандриту Мефодию определено быть епископом Иркутским и Читинским. 26 апреля наречен, а 27 апреля он был хиротонисан во епископа в Троице-Сергиевой Лавре.

С 16 июля 1982 года епископ Мефодий возглавил Воронежскую кафедру, где при непосредственном участии епископа началось возрождение монастырей в Воронеже и Липецкой области:

              Алексиево-Акатов                                  Задонский                                                 Задонский  

             женский  монастырь,                        Свято-Тихоновский                            Рождество-Богородицкий

                                                            Преображенский женский монастырь                  мужской монастырь,

                    Троекуровский                     Свято-Успенский Дивногорский              храм"Всех святых                    

 Свято-Дмитриевский Илларионовский         мужской монастырь           в земле российской просиявших"

                 женский  монастырь

При попечительстве епископа  Мефодия был возведен Благовещенский кафедральный собор и открыта Воронежская Духовная семинария.  

          Воронежская Духовная семинария                         Благовещенский кафедральный собор 

С 1985  ода помимо управления Воронежской епархией Владыка нес послушание в качестве председателя Хозяйственного управления Московской Патриархии. С назначением в этот отдел епископ Мефодий был возведен в сан архиепископа.

За труды, понесенные по подготовке и проведению празднования 1000-летия Крещения Руси, архиепископ Мефодий был возведен в сан митрополита. В августе 1988 года он возглавил делегацию Русской Православной Церкви по празднованию 1000-летия Крещения Руси в США.

В 2003 году митрополит Мефодий, прослужив на Воронежской кафедре 21 год, был назначен управляющим Астанайской и Алматинской епархией и главой Митрополичьего округа в Казахстане. 17 июня митрополит Мефодийприбыл в Астану, а 18 июня состоялась официальная встреча с президентом Казахстана Нурсултаном Назарбаевым.  

Первое, с чего начал Владыка свою деятельность в Астанайской и Алматинской епархии – в 2004 году возродил духовную святыню Семиречья – Иверско-Серафимовский женский монастырь в городе Алматы, закрытый большевиками в 1921 году, и вместе с тем положил начало восстановлению монашеской традиции в этом славившимся некогда горными пустынниками крае.

В 2004 году, Владыка осуществил перезахоронение на территории Иверско-Серафимовского монастыря, близ Софийского собора своих преосвященных предшественников – Первосвятителя Туркестана архиепископа Софонии (Сокольского, †1877г.) и его преемника епископа Никона (Богоявленского, †1897г.), воздвигнув над их могилой гранитный постамент. Этим актом благодарности к трудам Туркестанских архипастырей владыка Мефодий положил основание и своей архипастырской деятельности в азиатской епархии, осенив ее благодатной молитвой о Преосвященных своих собратиях. А позднее, в 2008 году, освятил часовенную сень, сооруженную на могиле приснопамятного митрополита Алма-Атинского и Казахстанского Иосифа (Чернова †1975г.).

        Кафедральный собор в честь                          Вознесенский                      Свято-Никольский собор

      Успения Пресвятой Богородицы                 Кафедральный собор

               Казанский собор                             Иверско-Серафимовский                            Софийский собор

                                                                              женский монастырь

Немалое внимание Архипастырь уделил состоянию главного храма епархии – Вознесенскому Кафедральному собору. В нем был проведен ремонт фасадов и куполов. В 2006 году митрополит Мефодий благословил сооружение нового иконостаса и росписи алтарной части собора, а в 2007 – широко провел празднование 100-летнего юбилея этого храма. В то же время были отреставрированы и другие древние храмы города Алматы – Свято-Никольский и Казанский соборы.

Желая иметь достойное свидетельство Православной веры на Казахстанской земле, митрополит Мефодий положил основание строительству нового величественного Кафедрального собора в честь Успения Пресвятой Богородицы в столице Казахстана городе Астане, которое в 2009 году было успешно завершено.

С благословения Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви в 2004 году впервые было совершено празднование Собора новомучеников и исповедников, в земле Казахстанской просиявших, а режиссер Константин Харлампидис, снявший документальный фильм о новомучениках и исповедниках Казахстана «Заилийский Фавор», приуроченный к торжественному событию,  из рук митрополита Мефодия получил патриаршую награду - орден преподобного Серафима Саровского III степени.

Постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви от 5 марта 2010 года митрополиту Мефодию (Немцову) определено быть митрополитом Пермским и Соликамским. 25 марта 2010 года была открыта новая страница в истории Пермского края.

С первых дней назначения Архипастырь стал уделять пристальное внимание решению наиболее насущных проблем. Благодаря непрестанным заботам Владыки Пермский кафедральный Спасо-Преображенский собор, гдеразмещается художественная галерея,  и кафедральный собор города Соликамска, в котором располагается краеведческий музей, были возвращены верующим.

Высокое старинное здание Спасо-Преображенского собора давно стало символом Перми.   

По благословению митрополита Пермского и Соликамского Мефодия здесь ведутся реставрационные работы, в частности по фотографиям был восстановлен крест, некогда украшавший главный храм города. 19 августа 2010 года к радости всех православных верующих на колокольне Спасо-Преображенского собора засиял трехметровый золоченый крест.

Установка креста – ещё один шаг на длинном пути от формального решения вернуть собор Церкви до его фактической передачи. Известно, что на месте архипастырской кафедры до сих пор располагается Пермская художественная галерея. Наша епархия - единственная в России, где исторический кафедральный собор используется не по назначению.

Начиная с 19 августа 2011 года, по благословению Высокопреосвященнейшего Мефодия, митрополита Пермского и Соликамского, в здании Спасо-Преображенского собора проводятся церковные службы.

За последние годы отреставрированы и другие храмы в Перми и городах края. Так, заметно преобразился Храм Всех святых в Земле Российской просиявших, находящийся на Северном кладбище. За алтарной частью храма, по благословению архипастыря, обустроен погост для священнослужителей Пермской епархии. 11 июля 2011 года здесь был похоронен  протоиерей Виссарион Синицын. Но самое главное, теперь в храме каждое воскресенье и в праздничные дни проходят богослужения.

Другое историческое событие состоялось 5 августа 2011 года в центре Перми. По благословению Его Высокопреосвященства, митрополита Пермского и Соликамского Мефодия, на купол одного из старейших храмов – храма святого праведного Симеона Верхотурского, история которого  началась в 1866 году, был торжественно установлен Святой крест.

28 июля в городе Березники Пермского края состоялось событие, важность которого для истории и культуры окружного центра трудно переоценить: при большом стечении народа на березниковской земле был заложен первый камень нового Свято-Николаевского храма. Место строительства освятил митрополит Пермский и Соликамский Мефодий.

Говоря о реставрации храмов, нельзя не упомянуть большую работу по восстановлению Свято-Троицкого кафедрального собора и некрополя, расположенного в алтарной части собора. На сегодняшний день Свято-Троицкой собор занимает центральное место среди храмов Пермской епархии. Прихожане заметили, как изменился внешний облик собора в последнее время: завершен ремонт внешнего фасада северного придела собора и внутренняя роспись алтарной части.

Архипастырскую заботу своего ректора во всех областях многогранной деятельности ощущает и Пермская Духовная Семинария. С приходом Высокопреосвященнейшего Мефодия, митрополита Пермского и Соликамского, который занял пост ректора ПДС, ситуация кардинально изменилась в лучшую сторону. Была решена задача, связанная с размещением Духовного учебного заведения, которое спустя семь лет обрело достойное помещение, отвечающее всем необходимым требованиям.  Преподаватели и семинаристы постоянно чувствуют отеческую заботу и духовное попечение Владыки.

24 ноября 2010 года, в памятный день для семинарии и всего Пермского края,  митрополит Мефодий совершил освящение нового здания семинарии, расположенного по адресу: шоссе Космонавтов, 185. Помещение было передано Русской Православной Церкви в безвозмездное пользование.

Сегодня Пермская Духовная семинария – это престижное учебное заведение. Среди преподавателей семинарии 4 кандидата богословия, 14 кандидатов наук, доктор филологических наук и доктор исторических наук. Из 34 преподавателей – 24 – священнослужители Пермской епархии.

Учебный процесс семинарии чрезвычайно разнообразен. За время обучения студенты проходят курс ряда богословских и гуманитарных дисциплин, изучают современные и классические древние языки, специализированные предметы, необходимые для пастырской практики.

Учебный процесс в семинарии сопровождается активной богослужебной практикой (пение в хоре, послушания пономаря, чтеца, произнесение проповедей), также обязательно посещение воскресных и праздничных богослужений. Храм – сердце и центр духовного и пастырского воспитания студентов.

В семинарии действует храм Иоанна Богослова, в котором проходят ежедневные богослужения. Здесь же расположена самая большая в крае религиозная библиотека, которая насчитывает более 15 тысяч наименований книг. Студенты регулярно принимают участие в научных конференциях, преподают в воскресных школах Перми, их работы публикуются в православных печатных изданиях.

В 2013 году, по благословению Высокопреосвященнейшего Мефодия, митрополита Пермского и Соликамского, к торжественному празднику – Дню православной книги - был подготовлен и издан прекрасный том «Православныемонастыри и храмы Перми», который повествует об истории храмов на Пермской земле, благоустроителях и созидателях  церквей и святых обителей Прикамья. 

19 мая 2013 года состоялось открытие первого в городе центра поддержки материнства и детства «Колыбель» при Архиерейском Подворье храма святого праведного Симеона Верхотурского. Этот  центр  оказывает помощь молодым семьям и одиноким матерям по социальным, духовным и бытовым вопросам.  Основные направления центра -  духовное сопровождение семьи, попечение материнства и младенчества, обучение матерей уходу за ребенком, оказание психологической и юридической помощи семьям, материальная поддержка многодетных семей.  

23 октября 2013 года состоялось торжественное открытие Елизаветинской больницы, масштабного проекта, подготовленного Пермской епархией, при активной поддержке Администрации губернатора Пермского края и администрации города Перми. Освящение больницы совершил Высокопреосвященнейший Мефодий, митрополит Пермский и Соликамский.   

Благодаря попечительству Владыки немало добрых и славных дел совершилось в Пермском крае, и  сколько еще предстоит сделать…Его Высокопреосвященство, проявляя мудрость и искренний интерес к просветительско-миссионерской деятельности и вопросам укрепления Православия на Пермской земле, установил доверительные отношения между Церковью и властью. Стал хранителем мира и дружественности, которые существуют на сегодняшний день между  разными конфессиями края.  

Губернатор Пермского края Виктор Федорович Басаргин:

«За годы служения Владыки вере и людям сделано очень многое. Это и восстановление храмов, это и возрождение духовности, это и все то, что связано с развитием Пермского края…»

Глава города Перми Игорь Сапко:

«Мне дороги отношения с митрополитом Пермским и Соликамским Мефодием, которые сложились за время нашего сотрудничества, и я надеюсь, что это сотрудничество обязательно будет продолжено на благо наших граждан».

Секретарь епархиального управления протоиерей Андрей Литовка:

«Митрополит Мефодий ревностно относится к проблеме восстановления Православных Святынь. Он работает не покладая рук над тем, чтобы наша епархия вернула в церковное владение исторический кафедральный собор, который сейчас используется не по назначению. Что касается семинарии, Его Высокопреосвященство митрополит Мефодий с самого начала предъявлял высокие требования к уровню организации учебно-воспитательного процесса и подготовки выпускников. Перед преподавателями поставлена непростая задача совершенствования системы образования семинарии, и митрополит Мефодий, заняв пост ректора Пермской Духовной Семинарии, сам стал наставником и учителем для учеников».

От всех верующих Пермской и Соликамской епархии желаем Его Высокопреосвященству митрополиту Мефодию помощи Божией, крепкого здоровья, духовной радости и преизобильных духовных даров от Всещедрого Небесного Отца.

С праздником дорогой Владыка! Многая и Благая лета!