Пермская Духовная семинария является старейшим учебным заведением на Урале. Она торжественно открылась 11 ноября (по ст. стилю) 1800 года. До этого времени, желающие посвятить свою жизнь духовному служению обучались в Вятской и Тобольской семинариях, но их число там было незначительное, из-за отдалённости семинарий. Пермским благотворителем Александром Медведевым, служившим канцеляристом при Синоде, для семинарии было пожертвовано здание. Всего первых учащихся семинарии было 152 человека. Первым ректором семинарии был архимандрит Парфений (Гуриновский), учитель поэзии, греческого и еврейского языков, риторики и философии; одновременно настоятель Верхотурского монастыря и присутствующий в духовной консистории.
Из стен Пермской Духовной семинарии вышли такие известные люди, как архимандрит Антонин (Капустин) - настоятель русской духовной миссии в Иерусалиме; священномученик архиепископ Свердловский и Ирбитский Аркадий (Ершов); В. С. Верхоланцев - известный Пермский краевед и педагог; А. В. Карташев - русский православный историк, богослов и библеист; Д. Н. Мамин-Сибиряк – известный советский писатель; изобретатель радио А. С. Попов; П.П. Бажов – писатель-сказочник и краевед, многие другие.
В 1919 году семинария была закрыта.
Пермская Духовная семинария возрождена указом Священного Синода Русской Православной Церкви25 декабря2009 года.
Новый виток в развитии Пермская Духовная семинария получила после прихода на Пермскую кафедру митрополита Мефодия (Немцова). Семинарии передано здание бывшего техникума на шоссе Космонавтов, которое активно реконструируется. Над зданием воссиял золотом крест, отремонтированы классы и комнаты для проживания учащихся, фасад здания.
В Пермской Духовной Семинарии открыт храм святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, действует Центр религиозного образования и катехизации. Библиотека семинарии является самой крупной православной библиотекой Перми.
